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纳税人发生被盗、丢失后，书面报告税务机关，接受处理。税务机关可以按照《中华人民共和国发票管理办法》（2010年修订）“未按照规定存放和保管发票”的规定，可以处1万元以下的罚款。
一、登报声明作废
对于增值税发票的被盗、丢失的，根据现行规定，无论普通发票还是专用发票，均需经过有刊号的报纸，登报声明作废。
二、税务机关处理
纳税人发生被盗、丢失后，书面报告税务机关，接受处理。税务机关可以按照《中华人民共和国发票管理办法》（2010年修订）“未按照规定存放和保管发票”的规定，可以处1万元以下的罚款。
三、发票的后期处理
1.空白发票被盗、丢失，开票方按照规定程序声明作废后，可以直接按作废处理。
2.被盗、丢失已开具《机动车销售统一发票》的，可重新补开。为了解决车主办理机动车登记丢失发票的问题，税务总局《关于消费者丢失机动车销售发票处理问题的批复》（国税函[2006]227号）规定，鉴于车主申报缴纳车辆购置税时需要报送《机动车销售统一发票》（报税联），办理机动车登记时需要报送《机动车销售统一发票》（注册登记联），经税务机关审核后，可以重新补开机动车销售发票。具体程序为：
（1）丢失机动车销售发票的消费者到机动车销售单位取得销售统一发票存根联复印件（加盖销售单位发票专用章或财务专用章）；
（2）到机动车销售方所在地主管税务机关盖章确认并登记备案；
（3）由机动车销售单位重新开具与原销售发票存根联内容一致的机动车销售发票。
消费者凭重新开具的机动车销售发票办理相关手续。
3.丢失已经开具的普通发票，客户方的入账问题。根据财政部发布的《会计基础工作规范》（1996年6月17日财政部财会字19号）第五十五条规定：“从外单位取得的原始凭证如有遗失，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，才能代作原始凭证。如果确实无法取得证明的，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作原始凭证。”
4.丢失已经开具的专用发票的处理流程
根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第19号）简化丢失专用发票的处理流程：
（1）一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，分情况处理：
如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证；
如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
（2）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，分情况处理：
如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；
如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
5.特殊处理
以上普通发票和专用发票的处理，主要是针对由于受票方的丢失原因，对于由于开票方引起的，在手工时代可以直接作废、重新开具处理（没有具体规定，但是通行做法），但是，现在实行增值税发票系统后，只有符合条件下才可以作废，否则在无法作废情形下，还是有必要双方进行配合协调，参考上述精神进行妥善处理。当然，较好的办法是对此也进行明确，毕竟现在的增值税发票底册协调已经有留存信息了，电子发票也在持续推进中，有些事可以考虑进一步简化了。在未明确之前，纳税人还是需要考虑合规性操作。
另外一个思考，确实属于受票方丢失了，虽然可以按照上述情形处理，但是，开票方在无过错情况下是否也应该登报声明作废并接受处理呢？
国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告
国家税务总局公告2016年第50号
为方便纳税人，税务总局决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。
本公告自发布之日起施行。《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票的处理意见的通知》（国税函〔1995〕292号）同时废止。
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